Настроить можно для загрузки определенного каталога в существующих магазин на сайте. Опция работает, но на практике я не применял несколько магазинов, хотя пробовал настроить, но у меня не получилось. Если кому-то пригодиться напишите мне, очень интересно как будет работать в CMS мультимагазин.
При включении галочки импортировать только из выбранных каталогов, модуль не будет грузить другие каталоги. Если галочка отключена, то модуль будет грузить любые каталоги в основной магазин а при совпадении Ид с настроенным в таблице — в указанный магазин.